CE73年時点で、ナチュラルズとコーディネーターズの間の摩擦は未解決のままで、最終的に地球同盟とプラントとの間で別の衝突を引き起こす。スヴェン・カル・バヤンは、最高のEAユニット「ファントム・ペイン」に所属するナチュラルズの航空戦士として、彼のチームの多様なコーディネーター対抗作戦を完璧に遂行する。セレーネ・マクグリフは、無偏見の深宇宙調査開発組織（DSSD）においてコーディネーター科学者として働き、GSX‑401FW スタガザーローバルモビルスーツを製造する。異なる起源にもかかわらず、激化する戦争は不可避的に彼らを結びつけ、運命が予測不可能な戦場の混沌の中で衝突する。
