惑星は1973年に地球の境界を突破したエイリアン勢力BETAとの絶望的な30年戦争に閉じ込められている。この混乱の中、タケル・シロガネという高校生は、人類が破壊された恐ろしい悪夢から目覚める。彼はすぐに、その夢が別の人生の一瞬でしかなかったことを知る。そこでは、Alternative Vイニシアチブが進行中であり、数十万の人々が宇宙へ送り出されて人類を守る一方、残りの数十億が地球で厳しい運命に直面している。
この暗い結末を変える決意から、タケルはかつて自分の学校があった横浜軍事施設に入隊する。そこで彼は基地副司令官でありAlternative IVプロジェクトの頭脳、工藤優子教授にAlternative Vを停止させるよう説得する。Alternative IVの成功を保証するため、タケルは仲間の生徒たちとともにTactical Surface Fighters（TSF）という巨大人型メカを指揮しなければならない。しかし、彼には訓練を終え、断片的な未来知識を活用するまでにわずか2か月しかない。迫り来る大災害が起こる前に、彼の決意こそが全てを飲み込もうとする潮流に対抗する唯一の希望の光だ。
