黒月優子教授の発明と八代霞の超能力を用いて、白銀武樹中尉は故郷へ送り返される。時間が限られているため、彼は黒月に助けを求めて、地球を攻撃する異星人BETAに対抗する唯一の防衛策である『Alternative IV』計画を完遂しようとする。対BETA作戦が終結に近づくにつれ、武樹と仲間の訓練生たちは横浜パイロットアカデミーを卒業する。彼らの任務は、プロジェクトを次元間で同期させることである。 しかし、新型タクティカルサーフェスファイター運用システム（人類が敵に対して使用する巨大なスーツ）の試験中、BETAは武樹と彼の隊に対して奇襲を仕掛ける。彼はかろうじて生き延びるが、親しい仲間の残酷な死により深い傷を負う。その喪失は彼を悩ませ、自信を蝕む。勇気を振り絞れず、武樹は別の次元へ退くが、そこで同様の喪失を経験する。黒月の仮説は、平行世界から来た個人は必然的に同じ悲劇に直面するというものだ。したがって、武樹は愛する者を守るために自らのトラウマと向き合わなければならない。
