海面が急激に上昇したため、人類は住める領土の大部分を失い、生存のために既存技術に頼らざるを得なくなった。この災厄の被害者の一人に、潜水艦事故で脚を失った才能ある新卒・赤羽夏樹がいる。彼はほぼ放棄された島で陰鬱な暮らしを強いられている。夏樹が謎めいた女性キャサリンに出会うと、彼女はかつて祖母のノンコ（有名な気候学者）が所有していた高度なヒューマノイド機械を持っていることが判明する。回収されたロボットは「アトリ」と名付けられ、少女のように作られている。アトリは夏樹にノンコが重要な任務を与えたと語るが、詳細は思い出せない。最初、夏樹はアトリを売ろうと考えていたが、祖母の研究にアクセスできる機会があることから再考する。彼はかつて名門科学遠征に参加する夢を諦めていたが、島民と共有することで、この貧しい世界にまだ影響を与えられることに気づく。彼の目的を通じて、夏樹はコミュニティに希望を再構築し始め、アトリの能力を使って生態系を回復させ、気候データを記録する。
