テンドシュウがオーエド中央ターミナルを襲撃してから2年が経過した。あの瞬間以来、ヨロズヤはそれぞれ別々の方向へ散っていった。ウツロの再来を予期し、坂田銀時は地球のレイラインをマッピングし、もう一人のアルタナへの手がかりを探す。生存したテンドシュウと対峙し、彼らが不死を追い求め続ける中で、銀時はエドへ戻った。
やがて再結集した新撰組とヨロズヤは、占拠された中央ターミナルに攻撃を仕掛ける。破損したテンドシュウ船から抽出されたアルタナが爆発寸前にある中、ヨロズヤと仲間たちは敵と戦いながら、エド――そして世界――が刃の先に立っている。
師である吉田翔陽を敬い、彼の元弟子たちは再び過去の記憶に戻り、歴史の最後の幕が近づく中で自らの運命を守るために結集する。彼らは運命を書き換え、今日すべての生き物を結びつける脆い糸を守ることを誓う。
