映画のプレミア上映中、銀時は「映画泥棒」と見なされる人物を逮捕する。監視映像を確認した後、彼は荒廃した戦後の江戸へと連れ去られる。そこでは「ホワイトプレイグ」と呼ばれる謎めいた流行病が人類を滅ぼしている。実際にはその「泥棒」はアンドロイドのタイムデバイスであり、銀時は5年先へと押し出されたことが判明する。元ヨロズヤ仲間の忍太と神楽は離散し、今では硬直した孤高の戦士として活動している。一方銀時は数年にわたり姿を消し、日記には謎めいたメモだけが残されている。
タイムマシンから提供された偽装を身に着けた銀時は、ぎこちなくヨロズヤ団を集めてホワイトプレイグの調査に乗り出す。彼はすぐに、明日を救う鍵が自らの過去の影と対峙することにあると悟る。強大な敵に立ち向かう決意を胸に、仲間や支持者の粗末なクルーとともに戦えば一人で闘う必要はないと気づく。彼らの経験と絆が合わさることで、迫り来る脅威に対して希望を抱かせ、団結こそが最も暗い絶望さえ克服できることを証明する。
