銀時と彼のよろず屋仲間――新八、カグラ、そして常に酷い労働を強いられる残りのクルー――は、江戸のネオン輝く異星都市とその常に変わるサイバーパンクなスカイライン、そして希望の中で生き延び続けている。彼らはやってくるどんな雑用も受け入れ、危険を冒すようなミッションは避けつつ、常に反逆派から迫る脅威を警戒している。だが、江戸の反乱軍長で銀時の長年の盟友だった桂が、未知の殺し屋に激しく撃たれた後に姿を消すと、新八とカグラは彼の失踪と攻撃者の身元を自ら調査し始める。一方、銀時は一見関係のない依頼を受ける。鍛冶屋鉄也が、盗まれた異世界の刃「ベニザクラ」を取り戻すよう頼む。
両方の調査が交差すると、よろず屋はベニザクラの致命的な性質を巡る大規模な陰謀に巻き込まれる。銀時は敵の要塞へ直撃で挑むことを決意し、数少ない仲間とともにこれまでで最も危険な任務へ踏み出す。
