Ziの世界にある人里離れた荒野で、ヴァンという若者が廃墟の複合施設を偶然発見する。遺跡の中で、彼は自動的に破裂し、恐竜型のオートマトン「オルガノイド」を露出させる半透明の殻を見つける。ヴァンはその機械にゼークという名前を付け、自分のものだと主張するが、すぐに略奪者たちがオルガノイドを捕らえるため彼を追いかける。襲撃者は戦闘用の獣型メカ「ゾイド」を操る。ヴァンは「シールドライガー」と呼ばれる遺物ゾイドを再生し、融合させて攻撃に対抗する。ゼークとともに現場へ戻ると、ヴァンは新しい繭を発見する。もう一つのオルガノイドになる可能性に興奮し、殻が割れたときには少女が現れる。新参者は自分の名前だけ、フィオナと覚えており、「ゾイドイブ」という遺物を探す使命があることだけを思い出す。自分の起源を解明しようと決意したフィオナは、ヴァンとゼークに加わり、ゾイドイブの真実を明らかにする旅に出る。彼らは仲間も敵も同時に遭遇し、危険な試練を乗り越え、旅の途中で軽妙な瞬間も共有する。彼らのオデッセイは廃墟や風景を縫い、古代技術の囁きがより深い目的を示唆する。彼らは壊れない絆を築き、Ziの秘密へと導く。
