21世紀までに地球は居住不可能となり、金属生命体「ゾイド」の本拠地である惑星ジへ大量移住が促された。数十年後、ジ自体も崩壊寸前となり、その住民は地球へ帰還する旅に出る。地球の居住性を取り戻すため、難民たちは「ジ・フォーミング」と名付けられた計画を立案するが、失敗し地球は混乱に陥る。ゾイドに支配され、変動する天候に打撃を受けた生存者は過酷な状況で耐え続ける。帝国と共和国の前哨基地は、惑星内部に潜む隠れたゾイドを探し出し、軍力強化を図る。物語は第二世代の地球人レオ・コンラッドとバズ・カニンガムが、帝国の手から逃れるサリー・ランドに出会うところから始まる。
