ある日、のび太が小さなロケットを開けると、その中からミニチュアの宇宙人パピが現れた。彼は「ピリカ」という世界出身で、惑星のPCIA軍から逃げていた。最初はドラえもんと仲間たちがパピの小さな姿に困惑するが、デバイス「スモールライト」を使って縮小し、ネオンサインの下で楽しい冒険を共にする。ところが、パピを追いかけていたクジラ型戦艦が地球に到着し、ドラえもんとのび太を襲い彼を捕らえようとする。パピはみんなを危険に巻き込んだことを謝罪し、PCIA軍と勇敢に対峙すると誓う。パピとピリカを守るため、ドラえもんと仲間たちはその惑星へ戻り、新しい味方を守る決意を固める。
