Shiki GranbellがEdens Zeroを指揮するようになった今、彼は四つの輝く星（Four Shining Stars）を結成した。新たな仲間とともに、Shikiはドラゴンフォール―機械ドラゴンが群生するサクラコスモスの境界―を突破できる。これにより、彼は女神マザー（Mother）の捜索を再開する。
Edens Zeroの乗組員が前進しようとした瞬間、彼らは影の戦艦が追跡していることに気付く。船（Belial Gore）がドレッカン・ジョー（Drakken Joe）所有であることを知り、Shikiと彼のチームは潜入しようと試みる。ダーク・アルケミスト（Dark Alchemist）が彼らを狙う理由を突き止める決意だ。この試みの最中、Edens Zeroはドレッカンの手下に押収される。
乗組員は船のエンジンが轟き、空間が閉じ込められる中で逃走経路を急いで探さざるを得ない。危険にもかかわらず、Shikiは降伏しない。仲間とともに、彼はダーク・アルケミストを倒さなければBelial Goreから生きて脱出できない。
