1969年の東京では、技術・科学・産業が急速に進歩し、生活は絶頂を迎えていた。しかし、静かな脅威があらゆる角から忍び寄っている。正体は不明な「侵入者」がそれだ。
彼らを知っているのは、AEGISという秘密組織だけである。隠密任務は脅威を中和することで、だが他の領域へのポータル「ゲート」を召喚できる者だけがそれを打倒する力を持つ。AEGISのエリート部隊「ゲートキーパーズ」は、多様なゲート才能を持つ卓越したエージェントで構成され、彼らだけが人類を relentless 侵入者から守ることができる。
典型的な高校生である鬼谷順は、シングルマザーと妹と共に暮らしている。帰宅途中で突然侵入者に遭遇し、彼らを守ろうと必死になる中で、自分がゲートを開けて膨大な力を導くことができると知る。この発見はAEGISの注目を集め、特に順の幼馴染でゲートキーパーズのメンバーでもある池澤瑠璃子からだ。
