В 1969 году в Токио, на фоне стремительных достижений в технологиях, науке и промышленности, жизнь ощущается на пике. Однако из каждого уголка нависает тихая угроза: "Захватчики", чья истинная природа неизвестна.
Только АЭГИС, скрытая организация, знает о них. Их тайная миссия — нейтрализовать угрозу, но только те, кто может вызвать "Ворота"—порталы в иной мир—обладают силой победить её. Элитный отряд АЭГИС, "Хранители Врат", состоит из выдающихся агентов с разными способностями к управлению Воротами; только они могут защитить человечество от неумолимых Захватчиков.
Шун Укия, типичный школьник, живущий с одинокой матерью и младшей сестрой, внезапно сталкивается с Захватчиками по пути домой. В отчаянной попытке защитить их он обнаруживает, что может открыть Врата и направлять огромную силу. Это открытие привлекает внимание АЭГИС, особенно Рурико Икусава — детская подруга Шуна и член Хранителей Врат.