エンジェルの脅威が激化すると、人類の軍勢は限界に達し、NERV が抵抗の中心となる。シンジ・アカリとレイ・アヤナミは、二人のパイロット――アスカ・ラングレー・シキナミとマリ・イルストリアス・マキナミ――の支援を受ける。
ロボット型エヴァンゲリオンユニットに武装し、敵と対峙するための専用兵器を備えた四人は、仲間を守り大災厄を防ぐために戦う。対立が生じるたびに彼らの決意は試され、外部からの脅威だけでなく、自身の疑念や恐怖とも向き合わなければならない。最終的に、彼らの団結と勇気が、人類全体を破壊から守る最大の盾となる。
