NERVがロンギヌスの槍を回収し、人類補完計画を実行する失敗した後、第四インパクトによる破壊はほぼ防止され、世界的な大災害を回避した。
混乱の中、碇シンジ、アスカ・ラングレー・シキナミ、綾波レイは村３へ向かう――地球崩壊の影響を受けていない避難所で、破滅した世界の残骸を追いながら、安全と希望を求める。
そこでシンジは徐々に自分の過去を受け入れ、かつてのエヴァンゲリオン操縦者としての役割から離れた生活を築く。
同時に、NERVは新たな時代のためにインパクトを通じて補完計画を再開する準備を進める。
WILLEの旗艦航空巡洋艦が集落に停泊すると、シンジは乗船を決意し、エヴァンゲリオンを操縦して助けられると確信する。
隠された真実が浮かび上がり、WILLEとNERVの衝突が迫る中で、地球の運命は揺れ動く。
シンジは人類と地球を最後に救うことができるのか？
