После неудачной попытки НЕРВ восстановить копья Лонгинаса и запустить Проект Человеческой Инструментальности разрушения Четвёртого Влияния в значительной степени были предотвращены, что избежало глобальной катастрофы.
В хаосе Шинджи Икари, Асука Лангли Шикинами и Рей Аянами отправляются в Деревню 3 — убежище, не пострадавшее от коллапса Земли, следуя за остатками разрушенного мира в поисках безопасности и надежды.
Там Шинджи постепенно принимает свою историю, создавая жизнь, отдалённую от прежней роли пилота Евангелиона.
Одновременно НЕРВ готовится возобновить схему Инструментальности через новое Влияние.
Когда флагманский воздушный крейсер WILLE причаливает к поселению, Шинджи решает отправиться в путь, убеждённый, что может помочь, управляя Евангелионом.
По мере того как всплывают скрытые истины и надвигается столкновение между WILLE и НЕРВ, судьба Земли висит на волоске.
Сможет ли Шинджи в последний раз спасти человечество и планету?
