В разрушенном мире единственным оставшимся убежищем Японии является тяжело защищённый мегаполис Токио‑3. Четнадцатилетний Шинджи Икари сопровождают в подземный командный центр НЕРВ, которым руководит его отдалённый отец Гендо. Командир призывает Шинджи стать пилотом Евангелиона, гигантского биомеханического бойца, созданного для противостояния монструозным чужеродным существам, называемым Ангелами, которые разрушают Землю и ставят под угрозу последнюю надежду человечества.
Шинджи, хотя сначала колеблется, убеждён в возможности восстановить отношения с Гендо и соглашается присоединиться к опасной борьбе против внеземного зла в качестве пилота Юнита‑01. Погружённый в смертельный конфликт, он должен призвать смелость и решимость, необходимые для отразить Ангелов до того, как станет слишком поздно. Стены города звучат отдалёнными криками, напоминая ему, что каждый момент важен. Он знает, что ставки сегодня неоценимы.