荒廃した世界で、日本の唯一残された避難所は、重装備で守られたメトロポリス・東京‑3だ。十四歳の碇シンジは、遠い父であるゲンドウが率いるNERVの地下指揮センターへ同行させられる。司令官はシンジに、地球を荒らし、人類最後の希望を脅かす「エンジェル」と呼ばれる怪獣的な外星生物と対峙するために設計された巨大バイオメカニカル戦闘機「エヴァンゲリオン」のパイロットになるよう促す。
シンジは最初は躊躇するものの、ゲンドウとの関係を修復できるチャンスに心を動かされ、ユニット‑01のパイロットとして宇宙的脅威と戦う危険な闘いに参加することを承諾する。致命的な戦闘に突入した彼は、エンジェルを撃退するために必要な勇気と決意を呼び覚ますべきだ。都市の壁は遠くで叫び声を響かせ、すべての瞬間が重要だと彼に思い出させる。今日、彼は賭けの大きさを測り知れないと悟っている。
