第三のインパクトから十四年後、地球は荒廃した砂漠となり文明は崩壊し、シンジ・イカリがかつて知っていた人々は認識できないほど変わってしまった。エヴァンゲリオン第01号に捕らえられた彼は、アスカ・ラングレー・シキナミとマリ・イリュストリアス・マキナミによって軌道から救出されるが、彼は今や旧守護者であるミサト・カツラギが指揮する軍事組織WILLEの囚人であることを知る。氷のような疑いを抱きながら、彼の旧仲間たちは警戒しつつ彼を見て援助を拒む。シンジは自分自身の行いの結果に直面し続ける。
負傷し混乱したシンジはレイ・アヤナミに救出され、NERV本部へ連れ戻された。そこで彼は神秘的なカヲル・ナギサに出会い、彼はすぐに慰めとNERVの天使との継続的な対立への洞察源となる。しかし、彼らの短い休息は迫り来る衝突によって打ち砕かれ、シンジは敵がもはや天使ではなく、かつての仲間であることを知る。この厳しい対決が地球の運命を左右する中、シンジは歴史は改めて書き換えられないことを直接知る。彼は今、贖罪が可能か永遠に失われたものなのかを決断しなければならない。
