第二のインパクトという黙示録的な事件から15年後、人類は新たな脅威に直面する。天上の巨大存在、エンジェルと呼ばれるものが順次東京‑3に降臨する。最も高度な兵器と戦略を投入しても、人類はエンジェルを撃退できない。救済の鍵は、冷淡なゲンドウ・イカリが指揮する影の組織、NERVにある。彼の指導の下、NERVはエヴァンゲリオンと呼ばれる巨大ヒューマノイドメカを投入し、最先端の兵器と絶対恐怖場でエンジェルと戦う。
父に見捨てられた数年後、14歳のイカリ・シンジ（ゲンドウの息子）は東京‑3に戻る。彼は母の死とゲンドウによって与えられた感情的な放棄から生じる根深い痛みと闘う。再び心を開くことへの恐れから、彼の生活は29歳のミサト・カツラギというNERV上級職員に出会ったことで変わる。ミサトは彼に今まで知らなかった無制限の母性愛を提供する。
それぞれ独自の力と恐ろしいデザインを持つエンジェルは、すでに隣接する数都市を破壊している。NERV本部は地下の隠れた複合施設で運営され、パイロットを調整し戦略的対策を展開している。シンジの帰還は多くの人々から懐疑的に受け止められるが、ミサトはすぐに彼の信頼できる相談相手となり、NERVのプロトコルという迷路を案内する。
壊滅的なエンジェルの攻撃により、シンジは行動を余儀なくされる。ゲンドウは彼を呼び戻した真の理由を明かす：ユニット01という新しいメカは彼の生体情報と同期するため、シンジだけが効果的に操縦できる。エヴァンゲリオンを操る心理的苦痛は計り知れないが、シンジは東京‑3をエンジェルの猛攻から守り、父の陰険な企図に気付かないまま。
А еще было время, когда негласно считалось, что каждый начинающий анимешник мог считать себя полноценным анимешником, только причастившись к субкультуре через Евангелион. Этакое евангелие от аниме )