荒野へ足を踏み入れ、宇宙人の主張に懐疑的だった村上涼太と彼の野心的な仲間クロネコは、地球外に生命が存在することを否定できない証拠を集めるために出発した。危険な遠征中、災害がクロネコの命を奪い、涼太は重傷を負ってしまい、かつて追い求めた世界から撤退せざるを得なかった。
その悲劇から10年後、涼太は日常的な高校生活に落ち着き、授業を受けながらあの運命の日の記憶を忘れようと努力している。しかし、彼は亡くなった友人を敬うために、宇宙人が実在することを一度はっきり証明しようと決意している。
突然転校生の猫黒羽が登場し、彼女は外見と名前がクロネコに似ていることで皆を驚かせた。さらに不可思議なのは、猫黒羽がクロネコが持っていた神秘的な能力を思わせる超自然的な力を発揮することだ。
涼太が猫黒羽にますます興味を抱くにつれ、彼は無慈悲な科学者たちが密室研究施設から逃げ出した魔法を使う魔女を追い求める危険な世界へ引き込まれる。猫黒羽はその逃亡者の一人であり、他にも多くが同じ境遇にある。涼太は彼らを無情な捕獲者から守る責任を負うことになる。
