После отразив инвазии Neuroi в Ромагне и уничтожив вражескую крепость над Венецией, Йошика Мияфуджи возвращается в свой родной город внутри Империи Фусо. Хотя она потеряла свои магические и восстановительные способности, бывший офицер 501‑го совместного истребительного отряда решает продолжить медицинские занятия. Её цель — помогать нуждающимся, будь то граждане или солдаты на фронте. Приходит приглашение от известной европейской академии, и она принимает его, снова отправляясь на разрушенный континент.
Но появляется новая угроза: всё больше Neuroi проникают сквозь человеческие обороны, вторгаясь в зоны, считающиеся безопасными, и нарушая баланс сил Европы. Обязанность Йошики конфликтует с её неспособностью командовать Страйкер‑юнитом, но когда друзья находятся в опасности, кажется, у неё остался только один жизнеспособный путь.