Выбранные дети шокированы предательством Мейкоомона, цифрового существа, которое недавно присоединилось к их рядам вместе со своим человеческим союзником Мейко Мочизуки. Кусихиро Изуми намерен поставить диагноз болезни, которая захватила контроль над Мейкоомоном. В то же время Такеру Такаиши замечает, что его собственный партнер Патамон начинает проявлять пугающие признаки, похожие на те, что наблюдались у других зараженных Дигимонов, таких как Мейкоомон.
Внезапно Выбранные дети получают сообщение от загадочной силы Гомеостаза, предупреждающей их о том, что их мир сталкивается с немедленным уничтожением — и цифровой мир, родина Дигимонов. Гомеостаз намерен инициировать "Перезагрузку", которая перезапишет все данные, составляющие цифровой мир, и уничтожит инфекцию. Однако эта Перезагрузка также стирает воспоминания всех Дигимонов, включая тех, кто является партнерами детей. Смогут ли Выбранные дети остановить Мейкоомона до того, как Перезагрузка станет неизбежной, или это будет конец их совместного пути с любимыми Дигимонами?
