Выбранные дети восстановили связь со своими Дигимон-товарищами, однако цифровой сброс стер у монстров воспоминания о них. Пока каждый ребёнок пытается восстановить связи, Сора Такенучи сталкивается с сопротивлением со стороны Пийомона, который отказывается говорить. Внезапная атака враждебного Дигимона разбивает группу, разбрасывая их и их партнёров по всему Цифровому миру.
Между тем в человеческом мире Дайго Нисидзима из Инкорпорированной Административной Агентства получает сообщение о том, что новая сила преследует "Либра", которую он подозревает как прикрытие имени Мейкоомона. Удивительно, но Мейкоомон сохраняет свои воспоминания и всё ещё помнит партнёра – Мэйко Мочизуки, которая отправилась одна в Цифровой мир, чтобы найти её. Чтобы выяснить, какие ещё силы стоят за этими событиями, Выбранные дети должны пройти через опасный восстановленный Цифровой мир и вернуться домой.
