サトシはポケモンマスターになる夢を追いながら、毎年開催される風祭りのためにフラ市へ向かいます。ワクワクしながら、サトシとピカチュウは祭りのゲットレースで勝利を目指します。同時に、自慢好きで習慣的な嘘つきのカガチは、甥っ子リリーに促されてコンテストに参加します。ポケモンの知識がほとんどない彼は、内気な科学者トリトにスピーチの準備を手伝ってもらうために交渉します。カガチが勝利した後、サトシはポケモンを捕まえたがっている元リージョナル陸上選手のリサに出会います。しかし、トリトの講演中にロケット団が群衆を奇襲し、彼の研究室からカプセルを盗みます。
風祭りの聖火が消えてしまうという災いが次々と襲います！泥棒を突き止める決意で、サトシと仲間たちは旅を続け、多くのキャラクターに出会います――かつて死んだとされていたサンダークラップポケモン・ゼレオラも含めて。旅の途中で、彼らは炎の消失について暗号的な手がかりを与える謎めいた旅人に出会います。彼らは協力してこれらのヒントを解読し、盗難の背後に潜む隠された脅威と対峙しなければならない。
