昔、かつて誇り高く繁栄していたヴェール王国は混乱に陥った。王の二人の継承者が争い、レジェンダリー・パートナーであるレスヒラムとゼクロムを呼び出し、領域を養っていたドラゴンフォースを乱した。神話のポケモン・ヴィクトリーニが介入し、均衡を回復させ、ドラゴンフォースをヴェールの剣に封印した。その剣が再び動かされれば、破滅は戻るだろう。
散らばったヴェールの民の子孫であるダーモンは、国の輝きを取り戻そうとする。彼はレジェンダリー・ポケモンゼクロムを召喚し、ヴェールの剣を上げてドラゴンフォースの力を自らのものにしようとする。
同時に、サトシと彼の仲間たちは剣の基部にあるエインドーク町へ到着する。ダーモンの陰謀に直面し、彼らはヴェールの守護者ヴィクトリーニを援助して計画を阻止し、千年前に起きた災厄の再来を防ぐ。
