ポケットモンスタークリスタル ライコウ雷の伝説

新進気鋭のトレーナー、ケンタは賑やかな市街地にあるポケモンセンターで幼馴染のマリナと再会し、進捗を比較するとともに友情がさらに深まる。彼らの親しい対決は突如としてやって来た雷雨で短くなり、ロケット団のオペレーター・バショウとブソンが登場し、電気タイプのポケモンを誘引するクリスタルシステムを操る。彼らの最終目的は白鵬博士の指示でポケモンを坂木に返すことである。ケンタとマリナはこの計画を発見し阻止しようとするが、伝説のポケモン・ライコウが捕らえられ、すべての生き物を守るために複雑な状況が生じる。