サトシとピカチュウは、カルロスの輝く宝石・ルミオーシティに足を踏み入れ、新しいポケモンを捕まえることと、最高の存在になるという夢を追い続ける熱意に満ちています。 同時に、天才発明家のシトロンと彼の妹エウレカは街を散策していたところ、サトシに出会い、彼はすぐにバトル挑戦を申し込みました。 その直後、彼らの冒険は危険なものへと変わります。チームロケットがサトシを追い、カルロスへと導いた結果、ガブリアスが街中に大混乱をもたらします。
静かな村・ヴァニビルでは、セレナは毎日シホーンと共に勤勉に訓練し、母親の指導を受けています。母親自身も経験豊かなシホーン競技者です。 訓練後、彼女はミアレシティの放送を観て、子供時代に知っていた少年を見つけます。 彼の記憶が再会への切望を呼び覚まし、セレナは失われた友人を探すためミアレシティへ旅立ちます。
『ポケットモンスターXY』は、カルロスを横断する彼らの冒険を描き、それぞれが個人的な目標を追求します。サトシはジムリーダーと戦い、シトロンはサトシから知識を吸収し、セレナは自らの真の志を見つけ出します。 旅の途中で彼らは新たな同盟を結び、最新の競争相手に立ち向かい、チームロケットの陰謀を解体し続けます。さらにメガ進化の秘密を紐解きながら、冒険は続きます。
