変身能力を持つポケモン、ゾロアとゾロアークは、その幻影能力を個人的利益のために利用しようとする謎めいた派閥によって押収される。グループはクラウンシティでゾロアークを解放し、彼女にスイカヌー・エンテイ・ライコウ――町の守護者――の姿を取らせるよう強制する。彼女たちの神聖な使命は、危険から市を守ることである。
サトシと仲間たちが待望のポケモンバトルワールドカップを目撃するためクラウンシティに到着すると、拘束から逃げ出したゾロアと遭遇する。同時にゾロアークは破壊的な行動を開始し、ゾロアの逃走に気付かない。レジェンダリー・ビースト・トリオの姿を装い、彼女は混乱をもたらし住民を恐怖に陥れる。
サトシはクラウンシティが崩壊する前に狂ったポケモンを止めることができるのか？市は混乱が広がる中で震える。ゼレビの予期せぬ登場は、ゾロアークと偽りのレジェンダリー・ビーストたちとの運命的な対決を変えるのか？
