100年前、孤独な旅人が伝説のポケモンを打ち倒す力を持つホウパという存在の巨大な力を、ガラス瓶に封じ込めました。
彼はその瓶を砂漠の洞窟の奥深くに埋め、内部に閉じ込められた闇が二度と日光を浴びることのないように願いました。
砂漠の風が嘆き、隠された瓶は忘れ去られ、そのガラスは神話を映し出します。
数十年後、若い冒険者がその瓶を発見し、呪いを解き放ち、封じ込められた力を解放しました。
解放されたエネルギーはホウパの影として現れ、瓶を粉砕してさらなる捕獲を防ぎます。
影は混乱を巻き起こし、元のホウパを攻撃すると同時に、両者は対戦を助けるため追加の伝説的存在を召喚します。
その衝突は近隣の町民やトレーナーを引き寄せ、彼らは伝説的な霊が立ち上るのを畏敬の念で見守ります。
サトシ――関東出身のポケモントレーナーとその仲間たちは混戦に巻き込まれ、ポケモンを止めるか、伝説の大混戦に直面する必要があります。
サトシの決意は試され、彼は仲間を鼓舞し、それぞれが力に対抗するスキルを持って戦います。