ホウエン地方の遠征を終えた後、サトシはポケモンマスターになるための次章としてシノオ地方へ向かう。到着するとすぐにチームロケットはピカチュウを捕まえようと再び試みるが、計画は失敗に終わる。ピカチュウは森の奥へ逃げ込んでおり、サトシの任務は彼を探すことだ。途中、何度も共に旅したブリーダーのタケシと再会し、将来のライバルであるパワーに執着しポケモンの福祉をあまり考えないトレーナー、シンジに出会う。探し続ける中で、サトシは遠くで強力な電気の爆発を見つけ、それに向かって進むとチームロケットとピカチュウ、そしてトップポケモンコーディネーターを目指す新人トレーナーのヒカリが現れる。チームロケットの計画を阻止した後、サトシはピカチュウと再会し、ヒカリが彼らのパーティーに加わる。こうしてサトシと仲間たちの冒険がスリリングなシノオ地方で始まる。
