古い預言者は、氷・雷・炎の巨人が動揺する日について語る。
再びバランスを取り戻すために目覚める海の守護者ルギア。
預言の詩に魅了されたポケモン探しのゲラルダンは、これら三つの巨人を狩ることでルギアを捕えるという陰険な計画で、彼の飛行船に乗り出す。
彼らの巨大な存在は時代を越えて響き、自然と運命の脆弱なバランスをすべてに思い起こさせる。
ゲラルダンが行動すると、激しい嵐が世界中で発生し、猛烈な風が地球を横断する。
そのような嵐の一つが、ポケモントレーナーのサトシ・カスミ・ケンジを乗せた船をシャムウチ島へと逸らす。
到着すると、サトシは古代の預言とルギアを再び調和へ導くために選ばれた者としての自分の役割を知る。
地球の運命を背負い、サトシはすべてを崩壊させる危機に立ち向かい、ゲラルダンを打倒する決意を固めなければならない。
しかし道は不確かで、希望は星のように揺らめく。
