一州リーグ日影トーナメントの後、サトシと仲間たちは遠隔山脈で荒良木教授の父親が発見した「ホワイト・リューンズ」へと新たな探検に出かける。そこは伝説のポケモンレシラムと結びつく場所だ。そこで彼らは謎めいた青年Nに出会い、ポケモンが話す声を聞けると主張する。やがて、パーティはプラズマギャングによる陰険なポケモン実験に巻き込まれ、恐ろしい結果を招く。謎多き科学者アクロマのおかげで、ピカチュウやキバゴさえもサトシのクルーに敵対し、彼らの安全を脅かす。プラズマギャングリーダーゲッティスは、Nを追っていたと告白するが、本当の目的は何か？一方、ロケットギャング三人組は一州地方へ戻る！彼らの現在の目的はプラズマギャングと対立している…次なる衝突はどのように解決するだろうか？彼らは勝利を収めるのだろうか？
