科学者たちは伝説のポケモン・ミュウの化石を発掘し研究することで、自然法則に逆らう存在――破壊の兵器として鍛えられたレジェンダリー・ポケモン・ミュウツーの誕生を引き起こす。しかし、ミュウツーが自らの疑わしい創造を知ると、人間の創造者に対して軽蔑の念を抱き、復讐を誓う。サトシ・ピカチュウと仲間たちはその怒りの対象となる。ポケモン界の運命が揺れ動く中、我々のヒーローはミュウツーの猛攻を打ち破ることができるだろうか？そしてミュウツーは自らの存在に新たな目的を見出すことができるのか？世界はこの新しい力と共存する道を学ぶことになるだろうか。
