10歳の誕生日に、サトシは寝坊してしまい、期待していたポケモンの代わりに頑固なピカチュウを受け取る！ぎこちない始まりの後、サトシとピカチュウは親密な仲間となり、本当のパートナーへと成長する。伝説のポケモン・ホウオウが空を舞うのを見つけると、二人は一緒に追いかけることにし、ホウオウが残す虹色の翼を追いかける。
マコトとソウジはサトシの旅に同行する。途中で、彼は野良ヒトカゲを救い、キャタピーからバタフリーへと育てた後、自分の道を歩むように放す。さらに、神秘的なミュウツーのようなポケモン・マルシャドを出会う。目的地に近づくと、ヒトカゲの元トレーナーである高慢なクロスが道を塞ぐ！サトシとピカチュウはこの強力なトレーナーを克服し、ホウオウに到達する約束を果たすのか、それとも冒険はここで終わり、心に永遠に炎を灯し続けるのか？
