シャーマンは、一般の人々が見えない幽霊・精霊・神々と対話できる驚くべき存在です。シャーマンファイトは、世界中の実践者を対決させる有名な大会で、五百年ごとに開催され、勝者はシャーマンキングに宣言されます。この栄誉は、その保持者に大いなる精霊を召喚し、現実を思いのままに形作る力を授けます。
ある晩、授業に遅れたマンタ・オヤマダ（典型的な中学生）は、町の墓地を抜けることにしました。石碑の上に座っている孤独な少年が彼に気づき、マンタを「彼ら」と一緒に星を見るよう招待します。「彼ら」が少年とその幽霊の仲間を指すことに気づいたマンタは恐怖で逃げ去ります。後になって、その少年はシャーマン訓練生のアサクラ・ユウであることを明かし、彼は六百歳の侍アミダマルの精霊と力を合わせて、いじめっ子のギャングからマンタを救出することで自らの能力を披露します。ユウは精神を感じ取れるマンタと結びつき、アミダマルと共にユウが次のシャーマンキングになる夢を叶えるための旅に出ます。二人は試練を共に乗り越え、師弟間の絆を強めていきます。
