30年前、ユーラシア大陸は巨大な「空間地震」に襲われた。これは宇宙振動の未解明現象で、1億5,000万人以上が命を落とした。以降、このような地震は世界中で時折発生し、規模は小さいものの続いている。
志藤一夏は妹・琴里と同居する普通の高校生に見える。天狗市を脅かす空間地震が迫ると、彼は琴里を守ろうと走り出すが、その爆風に巻き込まれてしまう。震源地で彼は謎の少女と出会い、彼女が「スピリット」――これらの地震を引き起こす存在である異世界の生物であることが判明する。やがて彼はこの少女と「アンチ・スピリット課」――スピリットを根絶することに専念する無慈悲な部隊との対立へ巻き込まれる。
さらに別の派閥「ラタトスクリ」はスピリット救出を主張し、驚くべきことに志藤の妹が率いる。対決後、琴里は彼を自分の目的に加わるよう強制し、代替案としてスピリットの心を勝ち取ることを提案する。今、世界の存続は彼の恋愛スキルにかかっており、彼はスピリットを追い求めてその心を掴もうとする。
彼の出会いは信頼と陰謀のダンスであり、各スピリットのオーラが決意を試す。人間と幽玄界のバランスは、今日彼がその心を勝ち取る能力に委ねられている。
