19世紀末、代替版の日本でも明治維新が勝利し、西洋の多くの風習を国に導入しました。その中には…政治的正しさも含まれていました。人間社会に潜む妖怪（妖怪）は国民の少数民族として認められ、彼らに関する問題は粗暴な力ではなく、法令の枠内で解決されることが定められました。戦国時代に制定された妖怪令は、妖怪庁として再編成されました。もちろん、この名誉ある機関の構成は混合でなければならず、妖怪庁には若き中尉三人が派遣されます。容姿端麗な将軍の息子、アゲマキ、勇敢なる奉公人ヨシノカズル、そして陽気な小柄のハナキリです。各官僚は、人間に見えるが霊力とファミリアを操る半妖の女性専門家と協働することが求められました。結果として、アゲマキは聡明で皮肉屋のジャクロをパートナーに迎え、ヨシノカズルは謙虚で責任感のあるススクホタラ、ハナキリは同じく陽気で無謀な双子のボンボリとホズキを相棒にしました。新たに結成されたチームは、国の平和を守り、あらゆる超自然的事件に対処する役割を担います。主要人物たちにはそれぞれ問題、目標、夢がありますが、調整と戦闘の協力は長く続くかもしれません。だが、私たちは知っています――彼らは必ず成功するでしょう。
