シドウ・イツカは、ラタトスクリとの継続的な関係により前例のない脅威に直面している。彼はすでに10体の霊を封印しており、デウス・エクス・マキナ・インダストリーズの社長アイザック・ウェストコットは、ついにシドウを排除し霊の力を自らのものとすることを決意した。この計画を実行するため、アイザックはラタトスクリに全面攻撃を仕掛け、グループにシドウを守るため備蓄を消費させた。数的にも実力的にも圧倒されているものの、時間霊・ときさき くるみという形で希望の光が差し込む。シドウはくるみのエネルギーを封印・利用し、時間を遡ってオリジンスピリット――すべての始まりとなった力に挑む必要がある。
