東京タワーの頂上で勝利を収めた後、ミュー・ミュー隊は短い休息を取り再編成する。桃宮一歌と青山雅也が互いの想いを告白し、一歌は新しいパートナーと貴重な時間を過ごすことに喜びを感じる。しかし、短い休止は突然終わり、チームはすぐにキメラ・アニマとの激しい対決に直面する。その戦いの中で、一歌は深刻な危険にさらされ、命を落としかける。
希望が失われたかと思いきや、謎めいたブルーナイトが現れ、一歌を救出し、彼女を守る運命にあると宣言して消えていく。残されたのは神秘的な余韻だけだ。世界の運命を背負い、ブルーナイトの正体に疑問を抱きながら、ミュー・ミューの少女たちは宇宙戦闘と日常生活を両立しつつ、個人の夢を追い続けなければならない。
