Шидоу Ицука теперь сталкивается с беспрецедентной угрозой из‑за своих продолжающихся связей с Рататоскром. Он уже запечатал десять духов, а Айзек Уэсткотт, глава компании Deus Ex Machina Industries, наконец решил устранить Шидоу и захватить силы духов для себя. Чтобы осуществить этот план, Айзек запускает полномасштабную атаку на Рататоскром, заставляя группу истощить свои запасы ради защиты Шидоу. Несмотря на то, что он сильно численно и качественно уступает, появляется луч надежды в виде Духа Времени Куруми Токисаки. Шидоу должен запечатать и использовать энергию Куруми, чтобы путешествовать во времени и бросить вызов Духу Происхождения — силе, которая всё начала ради безопасности всех.
