容赦ない軍閥・影光大義は、日本全国での戦いを確実にするため、自分の未出生の息子を48体の悪魔に捧げることを提案する。悪魔たちは同意し、翌日、数本の四肢を失った赤ん坊がやって来て、容赦なく川に投げ込まれる。
15年後、貧困と戦争で荒廃した小村で飢えと侍の暴政に耐える反抗的な青年・ドロロが生き残ろうと奮闘する。粗野なギャングを挑発した後、ドロロは襲われるが、影のような人物が介入し、近くに霊を感じていると主張する。水から実際に怪物が現れ、見知らぬ人物は義肢を外し隠された刃を露わにして獣を斬り倒し、消えていく。
その晩、見知らぬ人物が森をさまようとき、ドロロはついて行き、彼と共にいることを誓う。男――八岐丸――は悪魔が自分の体の大部分を奪ったと告白し、静かな生活を望んでいるにもかかわらず、その執拗な追跡から逃れられないと語る。しかしドロロは彼に同行する決意を固める。こうして八岐丸は新たな仲間と名付けられた子犬・ノタとともに日本を横断し、地獄と人間の両方の残虐さに立ち向かう。
