月のない空の下、潜入エージェントが日本警察本部に侵入する。英国のMI6、ドイツのBND、米国のCIAの情報機関—FBIの機密ファイルとともに—が押収対象となる予定だが、朝暮と彼の公共安全隊は侵入直前に到着する。潜入者は盗まれた車で逃走し、朝暮と高速道路上でハイスピードの対決を巻き起こす。衝突が数十人の通勤者を脅かす直前、FBI作戦員赤井修一の狙撃弾が侵入者の車を撃ち、道路から転げ落とす。
翌日、コナンと仲間たちは東京の新しく改装された水族館へ向かう。中央に設置された観覧車の展示の中で、コナンは一人立ち往生した怪我を負った女性を見つけ、奇妙に魅力的であると感じる。彼女の虹彩は色合いが異なる。
彼女は健忘症に苦しみ、自分の名前すら思い出せない。手に持っている携帯電話は粉々になっている。コナンは仲間と共に彼女の記憶を取り戻すことを誓い、彼女のそばで見張りを続ける。
その間、ヴェルモスは隠れた場所から観察している。後に彼女はサプレッサーを取り出し、インターホンでささやく。「すべて予定通りに進んでいる、ジン。」
