晴れた朝、ベルツリートワーの展望台が突然見えないスナイパーに突撃され、通行人を殺害した。事件が起きたとき現場にいたコナン・エドガワは、射手を捕らえようと急いだが失敗した。後に彼は犯人のティモシー・ハンターが以前海軍特殊作戦部隊に所属していたこと、そして既に別の殺人事件で調査対象になっていることを知った。FBIはティモシーが少なくとも三人の標的を持ち、彼らを殺したいと考えていると疑っている。しかし、そのうち二人の標的が排除された後、ティモシー自身が殺害され、捜査は混乱に陥った。唯一の手掛かりが消えたことで、殺人事件の報告は東京に波紋を広げ、市全体が警戒状態に陥った。コナンはこの致命的なスナイパーキャンペーンを止めるため、殺人犯を追跡し逮捕しなければならない。市の緊急サービスは警戒を強め、市民には屋内に留まるよう勧告されている。警察は機関と連携し、スナイパーの痕跡を追跡している。そしてメディア報道も。
