17歳の日本人少年、ユ・ナルカミは、この度静かな田舎町にやって来て、闇が潜むことを知るためだった。彼は叔父の家と新しい学校に慣れる暇もなく、静かな町イナバが連続殺人事件で揺れ動き、遺体が文字通り電線やアンテナに吊るされているのを目撃した。雨の夜、ミッドナイトチャンネルで自分の運命の相手か殺人鬼の未来の犠牲者を見られるという噂が広まった。さらに、クラスメイトの中にはシャツを着たヤンキー・ハナムラ・ヨウスケと、過度に活発なティア・サトナカがいて、彼らはすぐに貧しいナルカミを大きなトラブルへと巻き込んだ。連続殺人事件の謎は、集団無意識から生まれた並行テレビ世界に探す必要があることが判明した。そこで生き残るには、自分のシャドウを倒し、自己の暗い側面を理解し受け入れることが必要で、その結果としてペルソナという精神的な化身を具現化できる。ペルソナの力は、どれだけ人に優しく、正直で、人々のために生きているかによって決まる。徐々に「仲間を守る」ことを誓う真剣な仲間たちのチームを集め、主人公は人類存亡を脅かす可能性のある謎に近づき始める。ミステリーがあっても、アニメのメッセージはシンプルだ。尊厳を持って生き、自分自身を救えば、周りも救われる。
