春が夏へと移り変わる中、悠木真は特別課外実行部隊（SEES）と共に過ごす。ユニットは大小のシャドウを討伐し続けているが、今度は新たな敵に直面する。ストレガ――自らの目的のためにダークアワーを利用しようとする、裏切り者ペルソナ使いの集団――が登場し、ダークアワーの真実に関する鍵を握っているようだ。SEESが八重山で夏休みを過ごす間、彼らはアギスという記憶喪失のアンドロイドに同行される。シャドウを根絶するよう設計された彼女は、実力派の味方となるが、なぜか悠木に惹かれ続け、彼のそばを離れない。二人がダークアワーの謎に深く踏み込むにつれ、二人を結ぶ神秘的な絆の本質が徐々に明らかになっていく。
