秋が終わりに近づくと、ストレガのオペレーター吉野千鳥が伊織純平を誘拐する。同時に、結城真と専門課外実行部隊（SEES）がアーカナ・ハングドマンを排除する。その直後、謎めいたプレイボーイ桃月涼二が月光館高校2‑Fクラスに入学する。
目標を達成したように見えるが、SEESメンバーは無慈悲に友人の命を奪った闘いから解放されたと考える。しかし、タルタロスとダークアワーは第十二のシャドウの破壊に影響されず、続いている。敗北に見えるものに悔しさを抱き、SEESは個人的な闘いに直面し、本当に誰のために戦っているかを決定する必要がある。結城と伊織の自己実現への道が展開するにつれ、桃月の背景とエージスが彼に対して抱く敵意の動機が明らかになる。
