Когда осень подходит к концу, оперативник Стреги Чидори Ёшино похищает Джунпэя Иори. В то же время Макото Юки и Специализированная экстракуррикульная исполнительная группа (SEES) ликвидируют Аркана "Повешенный". Вскоре после этого загадочный плейбой Рёжи Мочизуки поступает в класс 2‑F Геккоканской средней школы.
Похоже, что SEES достигли своей цели и считают себя освобожденными от конфликта, который безжалостно лишил жизни их друзей. Однако Тартарус и Темный час продолжают существовать, не затронутые разрушением двенадцатой Тени. Погружённые в горе от того, что выглядит как поражение, SEES вынуждены столкнуться с личными битвами и определить, за кого они действительно борются. По мере того как пути самореализации Макото и Джунпэя разворачиваются, раскрывается прошлое Рёжи и мотив заражения Аегиса к нему.
