В полночь появляется Темная Час — скрытый промежуток, о котором большинство людей не знает. Те, кто не запечатан в гробах в этот период и просыпается, сталкиваются с опасными существами, называемыми Тенями. Несколько исключительных людей, однако, могут управлять Персона: уникальной силой, используемой для уничтожения этих врагов. Эта тайная группа называется SEES (Specialized Extracurricular Execution Squad), и её цель — выяснить, почему возникает Темная Час, и предотвратить её распространение в живой мир, что может принести неописуемый хаос.
Вскоре после того как переводной студент Макото Юки устроился в общежитии Иватодай, его Персона проявилась после нападения могущественной Тени. Теперь будучи в составе SEES, он начинает сражаться вместе со своими союзниками, так как только они могут защитить человечество от Теней и остановить аномалию, известную как Темная Час.