Под покровом ночи маскированный самурай убивает пятерых мужчин в крупнейших городах Японии: троих в Токио, одного в Осака и последнюю жертву в Киото. Убийства быстрые и жестокие, свидетелей не остаётся. Полиция выясняет, что каждый жертва принадлежал к Гэнджиботару — тайной банде, посвящённой краже буддийских статуй и реликвий, известной как слуги Миномото но Ёшитунэ. При отсутствии чёткого мотива или доказательств, указывающих на других членов, расследование застаивается до тех пор, пока храм в Киото не позовёт известного Когору Мори. Запрос храма поступает после того, как монахам доставлено загадочное конверт с древним каллиграфическим ребусом, и они просят его помочь вернуть пропавшую статую. Тем временем Конан Эдогава и школьный детектив Хейджи Хаттори объединяются, чтобы решить загадочный ребус и найти убийцу, при этом Хаттори также ищет свою давно потерянную детскую возлюбленную. Личная заинтересованность Хейджи подпитывает их решимость. Используя глубокие знания Хаттори о Киото, пара исследует скрытые переулки и древние храмы, постепенно раскрывая правду. Но прежде чем они доберутся до цели, убийца снова наносит удар — убивает ещё одного члена Гэнджиботару и неоднократно угрожает Хаттори, в итоге похищая его возлюбленную в уединённом бамбуковом саду. Только объединив свои навыки, чтобы осветить скрытые подсказки, Конан и Хаттори могут остановить кровожадную серию убийств со стороны бунтарского самурая и спасти любовь Хаттори.